El directorio raíz de una cuenta FTP es la carpeta que está más arriba en la jerarquía de directorios. Podrás ver, de la carpeta seleccionada, su contenido y el contenido de los directorios hijos.
Para modificar el directorio raíz de una cuenta FTP deberás acceder al dashboard de tu Servicio de Hosting. Posteriormente, deberás acceder a Gestiones sobre el servicio → Gestión de FTP:
Deberás localizar tu cuenta de FTP. Posteriormente, hacer clic en el menú [...] → modificar cuenta FTP.
En esta nueva ventana y desde el apartado Selecciona el directorio, marca el nuevo directorio raíz para tu cuenta FTP.
Ten en cuenta que la cuenta FTP no podrá acceder a ningún directorio que se encuentre por encima del directorio raíz.
Si la cuenta FTP está asignada o vinculada a WordPress, no podrás modificar el directorio raíz de la misma.
Para crear una cuenta FTP consulta el manual Como crear una cuenta FTP